Podatnicy dokonujący za granicą zakupów opodatkowanych VAT często mają wątpliwości, czy wydatki te mogą zaliczać do podatkowych kosztów uzyskania przychodów w kwotach netto czy brutto. Wątpliwości te są konsekwencją brzmienia art. 16 ust. 1 pkt 46 updop, który, co do zasady, wyłącza możliwość zaliczania VAT do kosztów uzyskania przychodów. Brak jest jednocześnie przepisu, który jednoznacznie określałby, czy wyłączenie to dotyczy, czy nie dotyczy kwoty zagranicznego VAT.O tym, czy art. 16 ust. 1 pkt 46 updop ma zastosowanie, decyduje miejsce dokonywania zakupów, a mianowicie to, czy są one dokonywane w państwie członkowskim UE, czy też w państwie nienależącym do UE.